En particular el instrumento tiene como objetivo asegurar que los Estados firmantes garanticen dentro de su marco normativo la protección del interés público, asegurando el correcto funcionamiento del sistema de patentes como un instrumento de política pública que tiene como finalidad asegurar el derecho de aquel privado que ha invertido, tiempo, capital e ingenio en el desarrollo de una invención.

El Instrumento tiene como finalidad establecer un núcleo de disposiciones que protegen el interés público de modo obligatorio para las futuras Partes Contratantes, que siguen siendo libres, sin embargo, de ir más allá del conjunto de usos permitidos previsto en el Instrumento. El enfoque adoptado contrarresta el enfoque tradicional de "protección mínima" del derecho internacional de patentes. Entre otras cosas, este enfoque ayuda a las Partes Contratantes a abordar la presión política que existe notoriamente en las negociaciones internacionales, especialmente en el contexto de los acuerdos bilaterales o regionales.

El documento cuenta de distintas partes. La primera, el Preámbulo tiene como objetivo establecer la motivaciones y finalidades del instrumento con la precisión suficiente para guiar la interpretación de la parte dispositiva. En esta sección se buscó establecer el contexto nacional e internacional que motivan la introducción de un instrumento de estas características en el derecho de patentes. Es por ello que se citan el Acuerdo sobre los ADPIC y otros tratados internacionales relativos a la propiedad intelectual.

La segunda parte, se refieren a las cláusulas, las disposiciones de derecho sustantivo al que las partes estarán comprometidas en materia de observancia del interés público dentro del derecho de patentes. Esta parte se divide en distintas secciones: patentabilidad, alcance, usos permitidos, usos disfuncionales, observancia y competencia. Cada una de estas secciones a su vez se dividen en capítulos que tratan distintos puntos del derecho de patentes donde se obliga a los Estados a asegurar el interés público.

La tercera parte del Tratado se refiere a los instrumentos, es decir las herramientas de política pública con las que gozan los Estados a los fines de garantizar el interés público. Por ejemplo, dentro de estas herramientas podemos encontrar la introducción de distintas licencias, uso gubernamental, pautas de examen de la patentabilidad de las invenciones, oposiciones, caducidad, entre otras.

La última parte del documento son las notas explicativas que tienen como objetivo añadir explicaciones, comentarios u otra información adicional relacionada con el contenido principal. Aquí se introducen ejemplos tanto del derecho comparado como de la jurisprudencia.