Em particular, o instrumento visa assegurar que os Estados signatários garantam, em sua estrutura regulatória, a proteção do interesse público, garantindo o funcionamento adequado do sistema de patentes como um instrumento de política pública destinado a assegurar o direito da parte privada que investiu tempo, capital e engenhosidade no desenvolvimento de uma invenção.
O Instrumento tem como objetivo estabelecer um núcleo de disposições que protejam o interesse público de forma vinculante para as futuras Partes Contratantes, que permanecem livres, no entanto, para ir além do conjunto de usos permitidos previstos no Instrumento. A abordagem adotada contraria a abordagem tradicional de "proteção mínima" da lei internacional de patentes. Entre outras coisas, essa abordagem ajuda as Partes Contratantes a lidar com a pressão política que notoriamente existe em negociações internacionais, especialmente no contexto de acordos bilaterais ou regionais.
O documento consiste em diferentes partes. A primeira, o Preâmbulo, tem como objetivo estabelecer as motivações e os propósitos do instrumento com precisão suficiente para orientar a interpretação da parte operacional. Essa seção busca estabelecer o contexto nacional e internacional que motiva a introdução de tal instrumento na lei de patentes. É por isso que o Acordo TRIPS e outros tratados internacionais relacionados à propriedade intelectual são citados. 
A segunda parte diz respeito às cláusulas, as disposições de direito substantivo com as quais as partes se comprometem no campo da aplicação do interesse público na lei de patentes. Essa parte é dividida em diferentes seções: patenteabilidade, escopo, usos permitidos, usos disfuncionais, aplicação e jurisdição. Cada uma dessas seções é dividida em capítulos que tratam de diferentes aspectos da lei de patentes em que os estados são obrigados a garantir o interesse público. 
A terceira parte do Tratado refere-se aos instrumentos, ou seja, às ferramentas de política pública que os Estados têm à sua disposição com o objetivo de garantir o interesse público. Por exemplo, dentro dessas ferramentas, podemos encontrar a introdução de diferentes licenças, uso governamental, diretrizes para o exame da patenteabilidade de invenções, oposições, revogação, entre outros. 
A última parte do documento são as notas explicativas, que têm como objetivo acrescentar explicações, comentários ou outras informações adicionais relacionadas ao conteúdo principal. Aqui são apresentados exemplos de direito comparado e jurisprudência.